Năm 1955,  sau cuộc bầu cử gian lận, chính quyền bù nhìn Ngô Đình Diệm được dựng lên, bắt đầu thiết lập bộ máy theo hệ thống từ tổng hành dinh ngụy quân ngụy quyền xuống tận cơ sở như liên gia, ấp trưởng, xã trưởng. Đứng sau lưng ngụy quyền, cố vấn Mỹ chỉ huy, điều hành. Lúc này tên Nguyễn Hữu Giao cũng được tên Trần Quốc Thái quận trưởng Điện Bàn dựng lên làm xã trưởng hội đồng xã Thanh Thủy ( xã Điện Ngọc bây giờ).

Nguyễn Hữu Giao là tên gian manh ác ôn khét tiếng, lợi dụng quyền thế có sẵn trong tay cấu kết bọn bình trị, bình định nông thôn mở nhiều lớp học tố cộng, lập danh sách phân loại thành phần thân cộng, tình nghi, cán bộ kháng chiến ở lại để đối phó theo kế hoạch thanh trừng cộng sản. Trần Yêm bị lọt vào tầm ngắm của Giao, bị tay chân Giao ghi tên vào sổ đen, xếp vào loại công sản trung kiên, cũng vì thế ngay lớp học tố cộng đầu tiên tại Thanh Thủy, Trần Yêm bị cưỡng bức học tập tố cộng theo khuôn thức mà chúng gọi là lớp huấn chính tố cộng. Chúng bày ra những hình thức sám hối, bắt đứng đèn và cả lối tra cứu tố giác cộng sản nằm vùng liên lục suốt mấy ngày. Gian ác hơn, kẻ thù bày ra kế bắt những người kháng chiến cũ tuyên bố ly khai, tuyên thệ xé cờ Đảng,. Chúng theo dõi cử chỉ động thái của từng người mà chúng gọi là thái độ không chăm chỉ học tập, không quyết tâm tố cộng, rồi đem ra tra khảo, cật vấn riêt róng. Lớp học kéo dài từ tháng này qua tháng nọ, cơm đùm, cơm gói buộc thân nhân, vợ con những người bị bắt mang tới. Người bị bắt thì ở tập trung, bị bắt học cả ngày, ban đêm thì sám hối, cấm không được sinh hoạt tắm giặt tự do. Tất cả những cảnh khổ nhục đó Trần Yêm đều nếm trải nhưng ông cũng không hề lung lay ý chí, hoặc tỏ ra dao động. Một hôm chúng bắt ông tra khai thác, đánh tra đủ mọi hình thức: nước ớt, xà phòng, dùi cui, cho giật điện, đánh phủ đầu… Chúng đánh đến nổi Trần Yêm không còn sức đứng lên được, phải năm liệt trong lớp học nhiều ngày. Rồi chúng tự lập hồ sơ, xếp Trần Yêm vào loại ngoan cố( Chưa hối cải, chưa được về với chính nghĩa quốc gia). Vì hồ sơ này, Trần Yêm bị tống vào nhà tù Vĩnh Điện từ năm 1957 đến 1959. Vào tù, ngày đêm ròng rã ông bị kẻ thù hành hạ, đánh đập. Những người bọn tù chứng kiến cảnh ảnh không khỏi xót thương và khâm phục tấm gương chịu đựng của Trần Yêm. Hình ảnh của ông sáng ngời lên trong nhà giam Vĩnh Điện, hun đúc cho tinh thần đấu tranh của những người cộng sản.

Cuối năm 1959, kẻ thù có mưu đồ trả từ do để thừa cơ thủ tiêu Trần Yêm mà không để lại dấu vết. Nhưng ý đồ ấy không thành vì Trần Yêm dò biết trước thái độ, mưu toan của bọn chúng nên vừa ra khỏi nhà lao, ông lập tức tìm cách lánh tránh. Về lại địa phương dù thân hình còn đầy thương tích nhưng Trần Yêm đâu được sống bình yên vì bọn chó săn sục sạo, hạch sách. Tuy vậy, vừa phải lo dương thương cho sức khỏe bình phụ, Trần Yêm vừa toan tính những công việc cần thiết. Trong cảnh nước sôi, lửa bỏng, cá chậu chim lồng, ông không hề nao núng, quyết tâm bám trụ xây dựng lại cơ sở, Ông đảm trách nhiệm vụ bí thư chi bộ làng Ngân Giang.

Đêm đen phủ kín miền Nam khi kẻ thù xây nhà tù nhiều hơn trường học, cày xới nông thôn, bắt dân chúng ly hương, ly quán. Trên mảnh đất quê hương của Trần Yêm, những khi trù mật, làng kiến thiết, trại tập trung…dồn dập dựng lên. Mục tiêu của bọn Mỹ-ngụy là cách ly dân với kháng chiến, đồng thời tiện bề quản lý những gia đình thân nhân có người tham gia cách mạng. Đêm đêm, nhứng điếm canh, ấp chiến lược, vọng gác của kẻ thù nhưn mắt cú vọ, rình rập đường đi ngõ lại của mọi người dân, con cái gia đình bị tình nghi phải đi trực gác suốt đêm ở những hội đồng xã, ấp.

Rào chắn vây nhưng vẫn không an tâm, kẻ thù còn tìm cách thủ tiêu bí mật những người kháng chiến cũ. Một đêm tối giữa tháng 3 năm 1961, chúng phục bắt được Trần Yêm vừa đi ra khỏi nhà. Tên chó săn Hoàng Quang Minh chỉ huy đồng bọn ra tay lấy khăn bịt kín miệng, trói Trần Yêm dẫn ra sông Cái. Bọn chúng xúm nhau đè bẹp Trần Yêm nằm chết cứng rồi mổ bụng lôi ra quả tim và cắt một phần là gian đem vào nhà ông Võ Kỉnh gần đó nấu chính để thi nhau nhậu rượu ( cũng bọn mặt người dạ thú này vào một đêm tối trời đầu tháng4/1961 ập vào nhà bắt anh Lê Kích ở làng Viêm Đông. Chúng biết Lê Kích là bí thư bị bộ làng Viêm Đông thời chống Pháp nên lợi dụng trời vừa tối gọi Lê Kích ra thì bắn anh chết tức khắc ngay trước sân nhà. Vợ anh đang ôm đứa con mới vừa sinh được 7 ngày trong buồng nghe súng nổ gượng dậy bước ra nhìn thấy chồng chết lòng đau như cắt nhưng đánh cắn răng nuốt hận!)

Trái tim của Trần Yêm và những cái chết lẫm liệt của những người cộng sản ở miền Nam dưới thời Mỹ-Diễm đã thổi bùng lên ngọn lửa đồng khởi, phá kèm. Đó là tiếng gọi máu kêu máu, đầu phải trả đầu khiến cho phong trao diệt án phá kèm lan nhanh như rừng lửa, thiêu cháy bọn hung tàn. Những kẻ ăn gan cật của Trần Yêm đã phải đền mạng.

Giọt máu sinh thành của người cộng sản trung kiên Trần Yêm giờ đây có người con trai độc nhất- Trần Duy Năm. Khi cha mất, Năm mới 5 tháng tuổi, nhưng mẹ anh – Bà Đặng Thị Yến đã tần tảo nuôi dạy anh trường thành. Và bài học mẹ vẫn thường nhắc  Trần Duy Năm là hay sống như trái tim của người cha liệt sỹ cháy sáng ý chí bất khuất và tình yêu quê hương, xứ sở.