Tại nhà lao Hội An, Phan Đờn cùng anh em tù chính trị luôn giữ vững khí tiết cách mạng, quyết không khai báo điều gì để bảo vệ cơ sở cách mạng. Phan Đờn cùng với Lý Trân tham gia tổ chức tù chính trị đấu tranh chống chào cờ, chống học tập tố cộng, chống trưng cầu dân ý, tổ chức đấu tranh đòi cải thiện chế độ sinh họat trong nhà lao. Bọn chúng biết Phan Đờn là cộng sản chính cống, là người chỉ huy các cuộc đấu tranh trong nhà tù, nhưng do không có bằng chứng nên tập trung tra tấn Phan Đờn bằng nhiều hình thức tàn bạo dã man hòng khai phá được nhiều tin quan trọng, nhưng Phan Đờn vẫn một lòng, một dạ trung thành với Đảng, với nhân dân, trung kiên bất khuất trước mọi cực hình của kẻ thù. Đến khoảng tháng 11/1955 do phong trào đấu tranh chính trị ở bên ngoài được các chi bộ Đảng khắp nơi tổ chức vận động quần chúng diễn ra quyết liệt, sôi nổi dưới mọi hình thức khác nhau như cướp thùng phiếu, đập vỡ thùng phiếu, biểu tình công khai, chống trưng cầu dân ý, chống đàn áp nhân dân, làm cho bọn công an trong nhà lao Hội An phần nào cũng phải chùng bước, hạn chế cường độ đàn áp tù chính trị. Nhân cơ hội đó, đồng chí Phan Đờn và đồng chí Lý Trân kiếm kế vượt ngục.

Qua nhiều lần bị bọn gác ngục dẫn đi hành dịch, Phan Đờn và Lý Trân phát hiện có đường cống dẫn từ khu vệ sinh ra đường phố, nắp cống có thể cậy lên được. Thế là các đồng chí theo dõi quy luật đi lại canh gác và giờ giấc đóng cửa tù của bọn gác ngục, sau nhiều ngày đêm theo dõi, chuẩn bị tinh thần, rèn luyện sức khỏe, cuối cùng hai người quyết định vượt ngục vào lúc chạng vạng. Lợi dụng bọn cai ngục chưa đóng cửa. Bọn lính gác sau giờ ăn cơm còn tán gẫu, chủ quan không đề phòng. Cả hai lẻn ra phía sau nhà giam đi thẳng đến khu vệ sinh cậy nắp cống chui xuống thoát ra an toàn.  Về lại Điện Nam quê nhà, mỗi người đi một hướng tìm bắt liên lạc nối lại đường dây hoạt động (đồng chí Lý Trân sau này là Bí thư Huyện ủy, Đặc khu ủy viên Quảng Đà); Phan Đờn được tổ chức đưa lên chiến khu Phú Túc điều trị. Từ năm 1956 đến 1959, Phan Đờn được tổ chức phân công về lại công tác Điện Bàn phụ trách các xã Điện Phước, Điện An… Trong thời gian hoạt động tại thôn Câu Nhí – Điện An , đồng chí Phan Đờn trú tại nhà của một cơ sở là ông Mộc Họe. Mộc Họe có đóng trước một cái hòm để dưỡng già (đó là cái quan tài đóng trước phòng khi qua đời con cháu đỡ vất vả). Lúc bấy giờ đồng chí Phan Đờn là cán bộ huyện Điện Bàn, ban ngày nằm ẩn trong cái hòm đó, ban đêm mới ra ngoài hoạt động để xây dựng và tổ chức cơ sở các xã. Một hôm, vào khoảng tháng 9/1959, ông Mộc Họe gọi thằng cháu ruột là Mộc Hoàng đến cắt tóc cho Phan Đờn, không ngờ Mộc Hoàng là tên phản động được bọn tề ngụy của xã cài cắm làm nghề cắt tóc để theo dõi Việt Cộng. Trong thời gian làm tai sai, hắn nghi Mộc Họe (chú ruột hắn) và ông Lê Bằng là cơ sở Việt Cộng nhưng ông Mộc Họe không hề hay biết. Tên Mộc Hoàng đến cắt tóc thấy đồng chí Phan Đờn râu tóc um tùm, nước da xanh nhạc (do nằm trong hòm quá lâu lại hoạt động toàn ban đêm), tên Hoàng sinh nghi, hắn đoán “chỉ có Việt cộng rúc hầm mới có bộ dạng này”. Ngay chiều hôm đó, hắn lập tức đi báo cho bọn hội đồng xã, bọn chúng sai tên Lê Mừng, lính dân vệ to khỏe có võ thuật được tin cậy đi bắt Phan Đờn. Cũng chiều hôm đó, ông Mộc Họe nghe được tin dữ liền chạy về báo cho Phan Đờn biết để đối phó, đồng chí Phan Đờn liền ra phía sau vườn chuối rồi chạy lên hướng Điện Phước để trốn, tên Mừng phát hiện đuổi theo kịp, chặn đường chạy của Phan Đờn rồi áp vào bắt. Đồng chí Phan Đờn chống trả, hai bên quần đánh nhau quyết liệt, nhưng do sức khỏe có phần hạn chế nên đồng chí Phan Đờn không thể thoát được bàn tay kẻ ác. Tiếp sau đó bọn hội đồng sai lính lùng sục bắt Mộc Họe và Lê Bằng rồi khớp miệng cả 3 đưa về nhà lao Hội An. Lê Bằng bị đánh chết trong ngục, còn Mộc Họe được trả tự do sau 3 tháng giam cầm, tra tấn dã man, về quê vài hôm thì chết. Riêng đồng chí Phan Đờn thì không lạ gì với bọn ác ôn khi bước chân vào đây lần thứ hai, chúng đưa Phan Đờn vào giam tại nhà lao Thông Đăng – Hội An (nhà lao Thông Đăng trước đây là nhà thờ của một người có tên là Thông Đăng, bọn giặc Pháp chiếm làm nơi làm việc cho bọn giám thị, rồi xây thêm nhiều phòng trong nhà thờ và chung quanh khung viên có sức chứa hàng ngàn tù nhân). Đồng chí Phan Đờn bị giam ở phòng số 4 rộng chừng 40m2 thường nhốt từ 40-50 người, hàng ngày chúng giam những đồng chí mà chúng cho là cứng đầu và là các đồng chí cốt cán của Đảng. Cùng bị nhốt với đồng chí Phan Đờn có các đồng chí Từ Ngọc Tá, Trần Tẻo, Phan Huyên (Điện Bàn), Trầi Trai, Bùi Ngọc Tẩy (Thăng Bình), Nguyễn Phát, Nguyễn Hiếu Tường (Tam Kỳ)…

Biết chắc Phan Đờn là cán bộ cộng sản cỡ bự và thuộc loại ngoan cố, cứng đầu nên chúng đưa đi tra tấn ngày một, làm anh chết đi sống lại nhiều lần. Những cực hình mà Phan Đờn phải cắn răng chịu đựng đó là chúng cạy miệng, bịt mũi rồi dùng nước xà phòng trộn với bột ớt, vôi, đổ vào đầy bụng rồi dùng giày đinh đạp lên cho nước trào ra, quay điện, đóng đinh mười đầu ngón tay, đứng đèn sám hối (đứng sát bóng đèn 100W trước mặt suốt bốn giờ đồng hồ liền).

Chúng dùng đinh đóng vào hai đầu gối, cắt đứt nhượng chân, cột trái hai tay ra sau đem phơi nắng suốt cả ngày, ban đêm xiềng tại nhà vệ sinh, chân đồng chí Phan Đờn bị lở loét, lâu ngày dòi rúc đục, nhìn thấy rất đau lòng. Anh em tìm cách rửa ráy, xức thuốc cho đồng chí. Nhiều anh em bị chúng đánh chết tại chỗ, rồi sai tù nhân đem chôn bừa ngoài bãi cát, những đồng chí trung thành kiên định lập trường chụi đựng được các hình thức tra tấn thì chúng thủ tiêu. Vào khoảng tháng 7-1961, chúng đưa giấy phóng thích Phan Đờn về quê theo lối quản thúc rồi giao cho bọn tề ngụy mâm Hội đồng Thanh Minh (Điện Nam) gồm các tên Phạm Diêm, xã trưởng, Phan Hoàng, cảnh sát trưởng cho theo dõi để ám hại. Khoảng 3 tháng sau (tháng 10/1961) bọn Diêm - Hoàng và một số tay sai lập kế thủ tiêu Phan Đờn, bọn chúng dựng hiện trường giả, huy động dân vệ dùng gậy gộc, đèn gió đuổi bắt Phan Đờn đưa về miếu Bà Sơn để thủ tiêu. Chúng dùng dao cắt cổ, rồi đào hục chôn sống Phan Đờn tại vùng giáp ranh Thanh Thủy (Điện Ngọc) giáp với thôn Cẩm Sa – Thanh Minh (Điện Nam) rồi hô hoán Phan Đờn tẩu thóat theo Việt Cộng. Mấy hôm sau dân làng phát hiện được do hai chân Phan Đờn lòi trên cát. Sở dĩ chúng chôn sống Phan Đờn bên phần đất thôn Thanh Thủy (Điện Ngọc) là để trốn tội, nhưng bà con ai nấy ở Thanh Minh biết chắc là bọn Phạm Hoàng, Phạm Diêm ra tay, nên nhân dân tổ chức biểu tình lên Vĩnh Điện, vào Quận Điện Bàn đòi bọn Hội đồng Thanh Minh và các tên Hoàng – Diêm phải chụi trách nhiệm về tội giết người vô cớ. Nợ máu phải trả bằng máu, năm 1962, 1963 tên Hoàng – Diêm lần lượt bị tiêu diệt từ các trận đánh ác liệt, phá kèm do các đồng chí Lý Trân, Nguyễn Hồng Thắng chỉ huy.

Do bề dày thành tích đóng góp cho cách mạng, đồng chí Phan Đờn được Đảng, Nhà nước tặng thưởng các Huân chương giải phóng hạng nhất, Huân chương kháng chiến hạng nhất, Huân chương độc lập hạng ba.

Vợ đồng chí Phan Đờn là Trần Thị Thăng (Minh) có công nuôi dưỡng cách mạng suốt trong thời kỳ kháng chiến chống Mỹ được Nhà nước tặng Huân chương kháng chiến hạng nhất.

Cha mẹ của đồng chí Phan Đờn là Phan Xe và Phạm Tị Thuận được tặng thưởng Huân chương độc lập hạng nhì, mẹ đồng chí Phan Đờn được  Nhà nước phong tặng danh hiệu Bà Mẹ Việt Nam anh hùng bởi có 5 con là liệt sĩ. Liệt sĩ Phan Đờn mãi mãi xứng đáng là người con của quê hương Điện Bàn anh hùng.