Tuy nhiên, hiện nay, ngành chăn nuôi vẫn còn bộc lộ những bất cập: chăn nuôi vẫn còn mang tính tự phát, quy mô sản xuất nhỏ lẻ, phân tán, việc quản lý con giống gặp nhiều khó khăn, dịch bệnh tiềm ẩn, thêm vào đó là tình trạng ô nhiễm môi trường nhất là môi trường trong khu dân cư. Nguyên nhân chính là do các hộ chăn nuôi chưa áp dụng các biện pháp xử lý chất thải bằng công nghệ sinh học. Chất thải trong chăn nuôi đều được thải trực tiếp ra cống rãnh, kênh mương hoặc dùng ngay cho trồng trọt…là nguy cơ tiềm ẩn để dịch bệnh phát triển.

Trong thời gian đến, để tiếp tục phát triển ngành chăn nuôi theo hướng hàng hóa, an toàn dịch bệnh, đảm bảo vệ sinh môi trường cần tiếp tục tuyên truyền, phổ biến các khâu kỹ thuật như vệ sinh chuồng trại, phòng chống dịch bệnh và chuyển giao những tiến bộ KHKT đến tận người dân, đặc biệt là nhân rộng mô hình sử dụng chế phẩm sinh học làm đệm lót trong chăn nuôi. Thực hiện quản lý chặt chẽ chất lượng nguồn giống, thức ăn, kiểm soát vận chuyển, giết mổ, bảo quản và chế biến sản phẩm chăn nuôi; tích cực vận động khuyến khích những hộ chăn nuôi gia đình nhỏ lẻ chuyển dần sang chăn nuôi với quy mô lớn, hình thức công nghiệp hoặc bán công nghiệp. Đẩy mạnh phát triển chăn nuôi theo hướng hàng hóa, gắn với bảo vệ môi trường, phát triển an toàn, bền vững tạo điều kiện phát triển diện tích, quy mô, giá trị chăn nuôi, nhằm tăng tỷ trọng của ngành trong cơ cấu kinh tế nông nghiệp của huyện.